Спецотряд HECU отправляетесь на территорию военно-исследовательского центра, в котором проводились секретные эксперементы. Вы сыграешь роль главного героя Шепарда, который отправляется в центр действия, чтобы постараться разобраться в возникшей ситуации, а также устранить как можно больше противников на пути. HECU взяли в управление вертолет, но так и не долетели до места назначения, так как были сбиты. С этого момента и начинаются Ваши опасные, но очень увлекательные приключения. HECU Необходимо разобраться что произошло, для этого вам необходимо спасти выживших учёных.

Также в комплекс Чёрная Меза прибывают чёрные оперативники для того, чтобы закончить дела, начатые солдатами HECU. Чтобы быстро прикрыть Инцидент, да и вообще уничтожить весь комплекс, они прихватили с собой термоядерную бомбу. Чёрные оперативники презренно относятся к солдатам HECU, считая, что те ничего не могут сделать сами, и за ними всегда нужно «убирать». Они убивают всех оставшихся солдат, которые не успели эвакуироваться вместе со всеми. Перед уничтожением комплекса необходимо изьять образцы из мира Xen у выживших ученых.

Однако учёные и бойцы HECU даже не знают о прибытии чёрных оперативников, и при встрече с ними удивляются, думая, что они здесь, чтобы помочь. Оба отряда должны добыть как можно больше биоактивного геля, это помжет им с выполнением их задачь .........