История евангелическо-лютеранского прихода Святого Михаила берёт начало с 1732 года, когда при Первом Кадетском корпусе на Васильевском острове (в бывшем дворце князя Меншикова) была основана домовая лютеранская церковь. Церковь предназначалась в первую очередь для кадет, офицеров, преподавателей и других служащих корпуса - выходцев из Эстляндии, Лифляндии и прочих российских подданных иностранного происхождения. Вход в неё был впоследствии разрешён также и жителям ближайших кварталов.

12 июня 1834 г. по Высочайшему разрешению императора Николая I церковь получает имя Святого Архангела Михаила.

В феврале 1841 г. здание, занимаемое церковью, вследствие его тесноты, решено было сломать, церковь устроить в помещении самого Кадетского корпуса специально для кадет, а прихожанам из числа гражданских лиц было предложено разойтись по другим приходам. Наибольшая часть (более 2 тысяч человек) пожелала сохранить свою общину и устроила себе церковь в доме архитектора Л.Я. Тиблена на 3-й линии Васильевского Острова (№8), в наёмном помещении, где 16 августа 1842 г. была освящена церковь Святого Михаила. Одновременно проводился сбор средств для покупки участка земли и постройки собственного здания.

В 1874 г. Церковный совет получил разрешение на постройку церкви на Васильевском Острове, на углу Среднего проспекта и 3-й линии. 23 октября 1874 г. состоялась закладка каменного здания церкви на 720 мест в готическом стиле по проекту инженер-полковника Карла Карловича фон Бульмеринка.

19 декабря 1876 г. церковь была освящена епископом Юлиусом фон Рихтером. В 1886 г. по проекту академика архитектуры Р.Б. Бернгарда был оформлен новый, более художественный фасад. Оба архитектора – Бульмеринк и Бернгард – были членами прихода Св. Михаила. Церковь была великолепно отделана внутри, имела замечательную акустику и один из лучших в городе органов. При церкви действовали сиротский приют с элементарной школой, вдовий приют и общество попечения о бедных.

В 1929 г. здание церкви Св. Михаила было передано русской лютеранской общине Иисуса Христа, в результате чего произошло объединение двух приходов – немецкого и русского. По указу Ленинградского Облисполкома от 15 августа 1935 г. церковь была закрыта, после чего в церковном здании располагалась спортивная база завода им. Калинина, затем - склад табачной фабрики им. Урицкого, а после войны – цех экспериментального завода «Спорт». Интерьер церкви был полностью перестроен и искажён, главный богослужебный зал разделён перекрытиями на три этажа.

С 1992 года церковь была возвращена русской лютеранской общине, возобновлены богослужения. Большую роль в возрождении прихода сыграл его настоятель Сергей Прейман (ум.2003). В 2004-2010 гг. проводилась реставрация с элементами реконструкции внутренних помещений церкви, ремонт кровли и фасада.